Sjöar och vattendrag
Vadstena kommun är beläget precis intill Vättern och fågelsjön Tåkern. Tåkern avvattnas av vattendraget Mjölnaån till Vättern. Tåkern rankas idag som Nordens förnämsta fågelsjö.
Hela Tåkern och dess omgivande strandområde är ett naturreservat. Från 1 april till 30 juni är det tillträdesförbud, med ett undantag av de fyra besöksområdena och dess vandringsleder. Vid de fyra besöksområdena finns det även fågeltorn. Det är dock inte bara fåglarna som lockas till Tåkern, utan det finns även ett rikt djurliv och en fin flora med flertalet orkidéarter på de omgivande strandängarna. Sjön är dessutom med på Ramsarlistan som är en internationell konvention för skydd av värdefulla våtmarker.
Mellan Tåkern och Vättern ligger Mjölnaån. Tre gånger per år utför miljöavdelningen vattenprovtagning på detta vattendrag med avseende på övergödning.
Vättern är Sveriges näst största insjö och kännetecknas av sitt klara och rena vatten. Vättern används som dricksvattentäkt i Vadstena kommun och förser invånarna med kommunalt vatten.